Historie oddělení biostatistiky SZÚ
Již v roce 1932 fungovala ve Státním zdravotním ústavu v rámci oddělení pro sociální hygienu statistická laboratoř, která se zabývala zdravotnickou statistikou, zpracováváním hlášení infekčních nemocí a jejich analýzou. Mezi její další činnosti patřilo například sledování pohybu obyvatelstva a analýza kojenecké úmrtnosti.
V 50. a 60. letech, během existence samostatných odborných ústavů (zejména Ústavu epidemiologie a mikrobiologie, Ústavu hygieny a Ústavu hygieny práce a chorob z povolání), pracovali statistici na analýzách celostátních epidemiologických dat, vyhodnocování klinických studií a dalších dílčích studií. Mezi tématy těchto studií byla například hodnocení účinnosti očkování, podání penicilinu při léčbě spály nebo hodnocení účinnosti profylaktických opatření proti infekční hepatitidě. Výraznou roli sehráli statistici také při epidemiologické studii tuberkulózy v okrese Kolín a na hodnocení sérologických přehledů.
Historie centrálního odborného pracoviště pro využití biostatistiky a informatiky v SZÚ se datuje od 1. ledna 1971, kdy vznikl Institut hygieny a epidemiologie (IHE). Ten sloučil dosud samostatné ústavy do jednoho celku a vytvořil odborné pracoviště matematické statistiky a programování. Do tohoto pracoviště byli soustředěni odborníci, kteří se zabývali využitím statistických metod ve výzkumu a zpracování dat. Jeho vedením byl pověřen ing. Z. Roth, CSc., který se již dříve osvědčil jako statistik a vedoucí oddělení v Ústavu hygieny práce a chorob z povolání. V té době měl již za sebou zahraniční stáže a byl hlavním autorem ceněné knihy Statistické metody v experimentální medicíně, vydané v roce 1962.
Základním posláním oddělení bylo uplatnění deskriptivních i analytických metod matematické statistiky při spolupráci s jednotlivými centry IHE na řešení jejich výzkumných úkolů a zpracování studií. Oddělení tvořili především statistici, převážně absolventi Matematicko-fyzikální fakulty UK v Praze, ale také odborníci z dalších profesí, jako programátoři, výpočtářky, děrovačky, grafici a technici.
Spolupráce pracovníků oddělení se specialisty často probíhala v dlouhodobém či opakovaném režimu. Kromě statistického a programátorského zpracování dat zahrnovala i podíl na přípravě šetření a pokusů, jejich vyhodnocování, interpretaci výsledků a podíl na publikační a přednáškové činnosti. Mezi nejrozsáhlejší řešené úlohy zejména patřily:
- víceúčelové sérologické přehledy zdravotně významných infekcí,
- studie lidského vývoje a hodnocení zdravotního stavu a zdravotních rizik u osob sledovaných longitudinálně od narození,
- konstrukce růstových grafů pro českou dětskou populaci na základě rozsáhlých Celostátních antropologických výzkumů dětí a mládeže,
- modelování v oblasti toxikologie a toxikokinetiky,
- studie v rámci různých subsystémů Systému monitorování zdravotního stavu obyvatelstva ČR ve vztahu k životnímu prostředí,
- spolupráce s národními referenčními laboratořemi,
- zpracování dat ze surveillance klíšťové encefalitidy,
- dlouhodobá epidemiologická studie rizika plicní rakoviny a dalších onemocnění u horníků uranových dolů exponovaných radonu.
Pracovníci oddělení zajišťovali také další činnosti, jako vytváření speciálních programových prostředků, provádění grafických prací pro prezentaci výsledků nebo návrhy a konstrukce speciálních elektronických zařízení.
Podstatným přínosem pro činnost pracoviště bylo vybavení výpočetní technikou, která umožnila řešit i složité statistické výpočty jednodušeji a efektivněji. Pro srovnání, v původních ústavech byly pro statistické výpočty často k dispozici pouze mechanické kalkulačky, přestože se již začínaly využívat i první počítače, například LPG-21. Statistici při řešení úloh na kalkulačce rozepsali na speciální formulář požadované operace s daty, které pak prováděly výpočtářky.
Prvním počítačem v oddělení, a zároveň jediným v celém institutu, byl od roku 1971 minipočítač Hewlett-Packard. Tento stroj byl zpočátku orientovaný na práci s děrnými páskami, ale po třech letech byl doplněn novější verzí s diskovým operačním systémem. Plného využití počítače dosáhli odborníci oddělení, kteří si osvojili programovací schopnosti a vytvořili „balík“ statistických programů.
Požadavky na využití počítačů i pro zajištění chodu institutu vedly k vytvoření skupiny pracovníků zaměřených na programování pro ekonomické agendy. Nejprve vznikl program „Nákladová agenda“, který sledoval ekonomiku jednotlivých výzkumných úkolů. Následovaly databáze základních prostředků a program pro výpočet mezd. Tyto administrativní agendy nakonec potřebovaly přibližně 30 % výpočetní kapacity počítače.
Původní počítače časem nestačily pokrýt všechny narůstající požadavky, a proto byla v průběhu 80. let naplánována jejich modernizace. V roce 1986 byl v institutu instalován maďarský sálový počítač Videoton EC 1011, jeden z modelů jednotné řady počítačů vyvinutých v rámci RVHP. Byl jedním z 51 počítačů tohoto typu nainstalovaných v Československu do konce roku 1988. Přestože se podařilo počítač plně zprovoznit a úspěšně jej využívat pro statistické programy i pro ekonomické agendy, vývoj v oblasti výpočetní techniky a informatiky v 90. letech ukázal, že svět se ubírá jiným směrem.
V roce 1992 došlo k přejmenování IHE na Státní zdravotní ústav a v té době začal postupný přechod na osobní počítače a projektování počítačových sítí, jak interních, tak externích včetně připojení institucí do Internetu. S tím přišla i nutnost prezentace ústavu prostřednictvím webových projektů. Oddělení i jeho pracovníci se museli přizpůsobit novým skutečnostem, což zahrnovalo přejmenování pracoviště na Oddělení biostatistiky a informatiky. Do jeho činností byly zahrnuty nové úkoly, jako správa síťových aplikací, tvorba webových prezentací, instalace antivirových programů a zajištění zabezpečení areálu včetně kamerových systémů. Jejich zajištění řídil vedoucí skupiny informatiků Viktor Hynčica, prom. mat.
Postupné rozšiřování těchto činností vedlo nakonec k vyčlenění útvaru pro informatiku jako samostatného oddělení v roce 2014. Z původního pracoviště se tak stalo Oddělení biostatistiky, které i nadále poskytuje podporu výzkumným a ostatním činnostem SZÚ v oblasti biostatistiky, zejména prostřednictvím odborných statistických konzultací a podílu na řešení úkolů jednotlivých center. Po ing. Rothovi vedl oddělení v letech 1996-2017 doc. RNDr. Bohumír Procházka, CSc. a jeho nástupcem se stal RNDr. Marek Malý, CSc., který oddělení vede dosud.
Jedním z klíčových úkolů oddělení matematické statistiky a programování bylo již od jeho vzniku v roce 1971 řešení „Hygienicko-epidemiologického informačního systému“. Oddělení se od 80. let podílelo například na zpracování hlášení akutních respiračních onemocnění a akutních průjmových onemocnění. Plného rozvoje a širšího naplnění však tento úkol dosáhl až v pozdějších letech.
V roce 1952 bylo statistické hlášení infekčních nemocí převedeno za Státního zdravotního ústavu na hygienicko-epidemiologické stanice. Ústřední zpracování těchto dat provádělo Středisko pro zdravotnickou statistiku Ministerstva zdravotnictví, ze kterého v roce 1960 vznikl Ústav pro zdravotnickou statistiku.
V 70. letech bylo pořizování a zpracování dat decentralizováno a svěřeno oddělením zdravotnické statistiky a informatiky, která byla zřízena v rámci krajských ústavů národního zdraví. V té době vznikl projekt databáze nazvané Informační systém přenosných onemocnění (ISPO). Data byla pořizována na úrovni okresů a zasílána dálnopisem k centrálnímu zpracování, které probíhalo v Krajském ústavu národního zdraví a Krajské hygienické stanici Severomoravského kraje v Ostravě. K tomu byl využíván počítač ZUSE společnosti Ostravsko-karvinské doly. Systém byl provozován v letech 1982–1992.
Agenda sběru a zpracování dat o výskytu infekčních onemocnění se vrátila do SZÚ na počátku 90. let, kdy ve spolupráci pracovníků SZÚ a krajských hygienických stanic započal vývoj nového systému EpiDat. Tento systém, sloužící jako registr povinných hlášení a evidence infekčních onemocnění, byl uveden do zkušebního provozu v roce 1993. Základem systému byl program Epi Info verze 3, vyvinutý v CDC v Atlantě. Data byla přenášena do SZÚ k centrálnímu zpracování na disketách zasílaných poštou a pomocí technologie BBS.
Vzhledem k povaze systému a měnícím se potřebám epidemiologického sledování program vyžadoval každoroční aktualizaci a průběžnou údržbu. Od roku 1997 byla spuštěna druhá verze EpiDatu, rozšířená o mnoho potřebných funkcí. Byla založená na programu Epi Info verze 6.0, jehož překlad do češtiny rovněž zajistili pracovníci oddělení. Byl také vyvinut formát výstupů, které byly a dosud jsou pravidelně měsíčně zveřejňovány v časopise Zprávy centra epidemiologie a mikrobiologie a na webových stránkách SZÚ.
Na tvorbě, provozu a rozvoji tohoto celorepublikového registru se významně podíleli pracovníci oddělení biostatistiky, kteří se zasloužili nejen o stabilní fungování a efektivní správu systému, ale i o zpracování nesčetných analýz a výstupů. Mezi ně patřili zejména vedoucí oddělení doc. RNDr. Bohumír Procházka, CSc., který působil jako programátor i statistik, epidemiolog a programátor MUDr. Čestmír Beneš a programátorka Ing. Helena Šebestová.
Systém sloužil až do konce roku 2017. Postupem času však přestal splňovat požadavky moderního informačního systému, jelikož pracoval na platformě MS DOS. Nebylo možné do něj implementovat všechny legislativní změny, novelizované definice případů infekcí podle evropských standardů ani pružně přidávat proměnné pro přesnější klasifikaci patogenů.
Po mnohaletém neúspěšném hledání cesty k vybudování nového sytému se v roce 2017 vývoje ujal Ústav zdravotnických informací a statistiky ČR (ÚZIS ČR). Pracovníci oddělení biostatistiky se podíleli především na předání podrobných datových struktur z EpiDatu, včetně formátů a číselníků, a poskytovali expertní konzultace k návrhu nového systému.
Nový Informační systém infekční nemoci (ISIN), vytvořený jako webová aplikace, byl spuštěn na začátku roku 2018 a dnes slouží jako základ pro hlášení infekčních nemocí od místní až po mezinárodní úroveň. Pracovníci oddělení biostatistiky SZÚ i nadále spolupracují při dalším rozvoji systému a mají klíčovou roli při celostátním zpracování a analýzách dat pro účely SZÚ, Ministerstva zdravotnictví, hygienické služby, odborné i laické veřejnosti. Součástí oddělení biostatistiky je Národní referenční centrum pro analýzu epidemiologických dat, které zajišťuje pravidelné měsíční přehledy dat z ISIN a jejich zveřejňování, včetně hlášení údajů do Evropské unie a Světové zdravotnické organizace.
Druhým systémem vybudovaným pracovníky oddělení biostatistiky je systém pro surveillanci HIV/AIDS, který vznikl ve spolupráci s Národní referenční laboratoří pro HIV/AIDS založenou v roce 1986. U jeho počátků stál RNDr. Ladislav Tomášek, CSc. a od roku 1994 na něj navázal RNDr. Marek Malý, CSc. Po počátečním programátorském úsilí se s narůstajícím objemem dat činnost statistiků stále více zaměřovala na statistické analýzy. V roce 2001 byl systém převeden do nové podoby, jejíž technologické zajištění přebrali profesionální programátoři. Postupně byl vyvinut soubor zhruba 100 předdefinovaných výstupů ve formě tabulek a grafů, které poskytují základ pro průběžné statistické zpracování dat a přípravu výstupů a prezentací o výskytu a šíření HIV v České republice. Pracovníci oddělení se nadále intenzivně podílejí na chodu a rozvoji systému, operativně zpracovávají mnoho jednorázových analýz na základě požadavků odborné i laické veřejnosti. Na základě matematického modelu provádějí odhady celkového počtu osob s HIV/AIDS žijících na území státu.
S měsíční periodicitou jsou pravidelně zveřejňovány výstupy ze systému, jednou ročně jsou publikovány podrobné analytické zprávy a data jsou využívána pro statistické a výzkumné účely. Probíhá dlouhodobá spolupráce s manažerkou Národního programu HIV/AIDS v ČR zaměřená na zpracování dat z různorodých studií s tématikou HIV/AIDS. Data jsou pravidelně reportována do nadnárodních systémů, zejména do Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC) a do WHO.